香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。　　由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

耿照接受父亲临终时遗命，将其遗书送与大宋皇帝，以祈宋室能凭遗书中记载金国朝中形势，在两国交锋时得以知己知彼；照在偷赴江南途中为金兵截杀，幸得江湖义士柳清瑶、华谷涵等帮助，遗书偷赴江南几经波折卒呈上宋室皇帝御览。　　“蓬莱魔女”柳清遥为金人统治下北五省之绿林盟主，肩负领导绿林义士反金壮举重责，受武林同道推崇，瑶本为孤女，一心欲追查自己身世，得“笑傲乾坤”华谷涵送上其生父仍在生之证物，遂着意追寻华谷涵以祈找得亲父，瑶得知华为武林俊彦，心中对华倾慕，而“武林天骄”檀羽冲对柳清瑶高亦甚有好感。檀羽冲身为金国贝子，但反对完 颜亮暴政，渴求金、宋一家亲。因冲为金人，以金，汉有别，柳清瑶最终倾心于华，冲俏然退出情场与辽人赫宫清云结为夫妇。　　其间，柳清瑶在江南错认武林盟主柳元甲为生父，实则甲勾结金郡主赫连清波，国师金超岳欲借瑶在北方武林地位以瓦解南、北两地坑金义士势力。后瑶生父柳元宗出现，始揭穿元甲阴谋。另一方面，柳清瑶之师兄公孙奇凯觎桑家之独门毒功，委曲求全，娶桑家长女，学得毒功，却因走火入魔惨死。　　最后，柳清瑶、华谷涵、檀羽冲与赫连清云合四人之力，诛杀完颜亮，虽然历史并未因此而改变，但四人威名却传遍天下武林，异族邪派闻之丧胆。